なぜか、太字のところしか機能しておらず、結果は６か、NULLになってしまいます。行ごとに、前の結果が消されていっているために最後の６しか残らないのだと思います。
wholedata %>%
mutate(year_ID = case_when(
REF_DATE >= year1start & REF_DATE <= year1end ~1,
REF_DATE >= year2start & REF_DATE <= year2end ~2,
REF_DATE >= year3start & REF_DATE <= year3end ~3,
REF_DATE >= year4start & REF_DATE <= year4end ~4,
REF_DATE >= year5start & REF_DATE <= year5end ~5,
REF_DATE >= year6start & REF_DATE <= year6end ~6,
TRUE ~ -9)-> wholedata2
解決しました。最後の行の）が足りませんでした。
wholedata %>%
mutate(year_ID = case_when(
REF_DATE >= year1start & REF_DATE <= year1end ~1,
REF_DATE >= year2start & REF_DATE <= year2end ~2,
REF_DATE >= year3start & REF_DATE <= year3end ~3,
REF_DATE >= year4start & REF_DATE <= year4end ~4,
REF_DATE >= year5start & REF_DATE <= year5end ~5,
REF_DATE >= year6start & REF_DATE <= year6end ~6,
TRUE ~ -9)) -> wholedata2